顺治二年（1645），清朝廷实行了一系列的民族压迫政策。其中一项是“圈田”，即把畿辅（即北京市周围）500里内汉人的土地圈占给八旗将士，而汉人则被扫地出门。孙奇逢老家的田园，也被圈占，无处存身。无奈，便移居新安（今河北新安县东北方的新安镇），再次开始其流云似的生活。惟一的精神寄托，是同门人的学术答问和纂辑《理学宗传》。
顺治六年（1649），新安一带盗贼蜂起，草寇作乱新安也住不下去了，他被迫又返回北城老家。但老家也不太平，危机四伏，不得一日安生。孙奇逢感慨万端，回忆起了明朝灭亡前20年，好友参军茅止生对他的劝告：“何不迁一支人到南方去居住呢？这个地方到时候就不属于你的了。”他慨然长叹说：“茅止生20年前的预言，今天看来，果然是如此啊。”因此，在这一情势下，他决定南迁苕上（今浙江茗溪）茅止生处。该年十一月十一日抵达保定。十七日，行至祁州（今河北安国），暂往下来。但路上的行途艰难，使他对南迁浙江又产生了动摇。到顺治七年（1650）正月十日，他给茅止生的儿子茅师忠写信说：“原意渡河，徐图渡江……但病骨蹒跚，老稚众多无能卒达。”显然，他对渡江南迁已心灰。但到哪里去较为合适呢？友人薛所蕴、刘玉孺建议他选择河南辉县共城苏门山或者是林虑山（今河南林州市境内）。这一建议，引起了孙奇逢的注意，因共城苏门不仅山清水秀，风景优美，而更重要的是历代的文人学士都曾慕名前往，或隐居，或讲学，或游览。特别是自北宋邵雍起，到元代姚枢、许衡等一大批学者的苏门讲学，使苏门曾数度成为中原地区理学研究之核心。迁居苏门，应为理想之地。因此，经过多方思考，孙奇逢拿定了主意，决心停云苏门山下。二月一日，他在给友人的诗中写道：“经过知我如相问，为道苏门岁月留。”二月二十八日，孙奇逢开始由祁州出发，向南往苏门而来。三月十日的路途上，他家书友人薛所蕴，表明自己心迹，决意停云苏门。慕邵雍追姚枢、许衡，“而同人游览”。（《日谱》卷二）三月二十六日过磁州（今河北磁县）时，孙奇逢走访前明兵部尚书张镜心。由于南迁目的地已定，心情较为轻松，故与张心见面后，两人在畅叙旧情的同时，主要的话题，仍是谈学论道。
社会的巨大变革，背井离乡的痛苦，一路的餐风宿露，使孙奇逢在走过囚禁周文王的关里城时，不禁感慨万端。挥笔写道：“稽首文王是吾师……演《易》却从忧患时。”此时孙奇逢的处境和心情，有很大的压抑感，同当年周文王被囚禁羑里的遭遇和心情有着某种相似之处。傍晚时分，抵达汤阴城。原准备进城去拜谒武穆祠（即岳飞庙），却因时已晚，正遭城禁而不得入城。孙奇逢思绪万千，说：“直抵黄龙约已成，令人千载仰精英”。〔“黄龙”即黄龙府，辽太祖时所置，治所在黄龙县（今吉林农安县）。金天眷三年（1140）改名济州。金交战时，岳飞曾说要直捣黄龙府，与将士痛饮。（《宋史·岳飞传》：“飞大喜，语其下曰：'直抵黄龙府，与诸君痛饮耳!”“明朝无名氏《精忠记·伏阙》也说：“约诸军痛饮在黄龙，銮（luán）舆指日当迎奉。”）后遂以“黄龙痛饮”指彻底击败敌人，欢庆胜利。“黄龙”，即成为“敌方都城、巢穴”的借指。孙奇逢在这里说的“黄龙”，是寓指满清政府的，名义上是说南宋之事，而实际上却显示了现实之心。意思是说今日谁又能直抵“黄龙”，去伸张民族正义呢？由此可见，他对当时的朝政是何等的愤恨！
经过千里奔波，历时整整两个月，顺治七年（1650）四月二十八日早晨，孙奇逢一行于淇县四岗村出发，路经潞王坟，傍晚时分，终于到达辉县，驻马薛所蕴山庄（庄址不详）。